1、滅菌時間不同
低溫等離子滅菌器每次滅菌只需要25-55分鐘即可，而環氧乙烷滅菌器則需6-8個小時。這種滅菌時間對于醫院來說，時間短無疑更有優勢。但是，低溫等離子滅菌器的滅菌效果卻不如環氧乙烷滅菌器che底，因此環氧乙烷滅菌器廣泛應用于醫用口罩、防護服等滅菌，而低溫等離子滅菌器則更加適用于消毒供應中心。
2、滅菌方式不同
低溫等離子滅菌器采用的是過氧化氫溶液和等離子體結合從而達到一個滅菌的效果。而環氧乙烷滅菌器則是采用真空低溫環境下的環氧乙烷氣體，去抑制微生物的生長，從而達到滅菌效果。值得一提的是，環氧乙烷滅菌器不能對油、粉劑以及液體進行滅菌之外，其他的物品都是可以采用這種方法滅菌的。例如各類腔鏡、棉紡類、硅膠類、橡膠類等。
3、穿透性的區別
環氧乙烷有著非常好的穿透性，而過氧化氫的穿透性不是很好。因為滅菌劑有著不一樣的穿透性，所以對于需要滅菌的物品結構以及包裝的材料都會有不一樣的要求，也就是說在選擇滅菌方法的時候一定要把滅菌劑的穿透性考慮進去。
4、滅菌溫度不同
環氧乙烷滅菌一般會有兩種滅菌的溫度，分別為37攝氏度和55攝氏度，對于耐溫性不足50攝氏度的物品來說，就不能使用環氧乙烷滅菌。而過氧化氫等離子體滅菌只有一種滅菌溫度，那就是50攝氏度。
